签了劳动合同后，公司扣除40%的工资是否合法？

不合法。公司扣除40%工资违反劳动法，应支付实际工作时间的工资。《劳动合同法》规定，员工离职需支付相应工资，不得无故克扣。若公司坚持扣除，可能面临法律诉讼及赔偿。
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可申请劳动仲裁或诉讼。应先与公司协商，协商无果则向劳动仲裁委员会提起仲裁，或直接向法院提起诉讼，根据具体情况选择最佳途径。
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不合法，可维权。操作如下：1.与公司沟通，要求合理解释扣款原因；2.收集证据，如工资条、合同等；3.若协商无果，向劳动仲裁委申请仲裁；4.必要时，可向法院提起诉讼，维护自身权益。